Enzymkinetikk I

Ikke alle enzymer er proteiner; noen er RNA.
Hvorfor RNA?
Fordi RNA er en enkel kjede som kan folde og danne bindinger (basepar) med “seg selv” (egne baser).

Enzymer er involvert i alt. De funker ved at substrater fester seg til spesielle områder på enzymet (v/ svake krefter, hydrogenbindinger) og danner et enzym-substrat-kompleks. Denne prosessen 1) senker aktiviseringsenergien for reaksjonen mellom substrater og 2) øker sannsynlighet for at substrater møter hverandre. Enzymer er svært selektive.

  • Lås-og-nøkkelmodell (lock and key model)
    Gammel modell
    Bilderesultat for Lock and key model
  • Indusert-tilpasningsmodell (induced fit model)
    Ny modell
    Bilderesultat for Induced fit model

Enzymer trenger koenzymer og kofaktorer (vanskelig å skille, selv foreleser er usikker) for funksjonen. De kan enten være bundet løst: koenzym, kofaktor, eller sterkt: prostetisk gruppe.

  • Et inaktivt enzym uten kofaktor kalles et apoenzym
  • Et aktivt enzym med kofaktor kalles et holoenzym

Koenzymer er kofaktorer som endres i løpet av en reaksjon (e.g. NADPH, NADH, ATP). De er som substrater.

Enzymer er tilpasset omgivelsene sine (optimumstemperatur: fysiologisk 37, pH usw.). Hvordan overlever noen bakterier i 100 grader celsius? Mutasjoner i enzymene (e.g. aminosyrer) som motvirker de ekstreme forholdene,

Masseproduksjon av enzymer er en revolusjon. I vaskepulver er det mye av enzymet protease (fordi det er protein i mat). Hva kan du ikke vaske ull (eller e.g. silke) fordi ull består av proteiner.

Hva er den viktigste evolusjonære fordelen ved å ha magesyre?
Å drepe organiske organismer, uskaddeliggjøre fremmede agenser. I magesyren finner vi enzymer med lavere optimumspH (e.g. pepsin).

Glukokinase er et enzym som katalyserer reaksjonen fra glukose til glukose-6-fosfat. Vi finner det hovedsakelig i leveren, hypothalamus, og betacellene i bukspyttkjertelen. Heksokinase er et høyaffinitetsenzym (lav Km, Michaeliskonstant). Glukokinase er et lavaffinitetsenzym.

Jo høyere affinitet et enzym har til substratet, jo sterkere binding og kjappere reaksjon (bedre katalysator).


Foreleser: Sandip Kanse

Ressurser
Presentasjon

EXPHIL V. DESCARTES / HUMES

Takk til Henrik W. for flotte notater

Fortsettelse fra sist:
Descartes har kommet fram til sitt “cogito” (at han er en tenkende ting). Nå må han igjen tenke seg ut i verden, men hvordan komme seg dit? Hvordan får han “res cogitans” til å henge sammen med “res extensa”? Hvordan kan han bruke sin sikre kunnskap om at han er et tenkende vesen til å beskrive den ytre verdenen? Han argumenterer med at siden Gud eksisterer og at Gud per definisjon er perfekt, ligger det i naturen at det Gud skaper også er det. Det vil si at det vi, mennesker, oppfatter som klare og presise persepsjoner kan stoles på. Gud er en garantist for at vi kan stole på sansene våre (til en viss grad). En god, allvitende, allmektig Gud ville ikke skapt oss med falske sanser.

Mennesket består av et tenkende vesen (ånden) og et utstrakt legeme. Dualismen gjør det mulig å forstå kroppen som noe som bestemmes av og er underlagt naturens fysiske lover.

Elisabeth van Böhmen stilte et par spørsmål ved dette:

  • Hvordan kan noe immaterielt bevege noe fysisk?
  • Kan ikke sinnet vårt også ha utstrekning?
  • Hvordan kan vi være sikre på at inntrykkene vi får gjennom sansene faktisk er riktige?

Descartes svarer litt unnvikende: sinn og legeme er bare “knyttet sammen på en måte”

Litt om dyr:
Fra “Metoden”, vet vi fra før at Descartes mener at dyr ikke er tenkende slik som mennesker. Mennesker har en fornuftig allsidighet gjennom språk. Han mener det er et tydelig skille der. Han mener at dyr er mer lik sofistikerte maskiner. Sammenligningen med dyr illustrerer rasjonalismen og hvordan det er et skille mellom oss og resten av naturen. Dette er samtidig et argument for at vi som mennesker kan behandle dyr på hvilken måte vi vil.

Introduksjon til Hume
Hume var en skotsk filosof som levde under opplysningstiden. Han er hovedsakelig assosiert med tre -ismer:

  • Empirisme
    Erfaring tillegges mest vekt: et kriterium for vitenskap. Observasjon skal diktere teoretisering. Alle begreper må kunne ha opphav i erfaringen.
  • Naturalisme
    Man vil kun tillate å bruke forklaringer som er i overenstemmelse med den vestlige naturvitenskap.
  • Skeptisisme
    Å tvile og legge mindre vekt på oppfatninger som vanligvis antas å være sanne.

Hva motiverer Hume til å skrive boken sin?
Han ønsker at vitenskapen om mennesket skal åpne seg for den samme nøyaktigheten som flere områder av naturfilosofien. Med mennesket mener han ikke bare menneskekroppen, men mennesket som et naturvesen. Han prøver å finne ut av de mest grunnleggende prinsippene ved mennesket.

Hvorfor er dette viktig?
Enhver vitenskap har en tilknytning til menneskenaturen. Alle vitenskaper behandles av mennesker. Når vi får mer forståelse for mennesket får vi da også mer forståelse om vitenskapen selv, mener Hume. Han mener og at vi må revurdere all filosofi og avvise ethvert filosofisk system som ikke er basert på observasjon og fakta (empiri).

  1. Verket er et kritisk prosjekt i at det har som formål å rydde opp i overtro og forkaste utsagn som ikke baserer seg på erfaring.
  2. Verket er et konstruktivt prosjekt i at det har som formål å etablere en naturalistisk og empirisk vitenskap.

Hva består menneskesinnet av? Hvordan er det vi tenker og oppfatter?

  • Persepsjoner
    Enkle ting: inntrykk og ideer.
    Et inntrykk genererer en ide og er klarere enn den resulterende ideen. F.eks. se Robb Stark dø. Sanseinntrykket genererer en emosjonell smerte som blir værende som en ide, men denne ideen vil aldri være like klar som det opprinnelige inntrykket.

Hvordan oppstår komplekse ideer?
Ved assosiasjonsprinsipper. Ideer henger sammen med hverandre. Verden presses på oss og assosieres inni hodet vårt til den verdenen vi opplever. Hadde vi ikke assosiert hadde vi bare hatt små, enkle tanker (kanskje litt som en gullfisk). Ting henger sammen. Verden presses på og assosieres inni oss til den verdenen vi opplever.

Hvilke begreper har vi grunn til å være kritiske til?

  • Kausalitet
    Hva er årsakssammenheng?

To hendelser er definert som årsak og virkning når:

  • Årsaken kommer først.
  • Det er kontakt i tid og rom.
  • Det er konstant samsvar mellom hendelsene A og B.

Hume mener at det ikke finnes noen logisk sammenheng mellom A og B. Vi kan forestille oss A uten B.


ForeleserIngvild Torsen

Ressurser
Podcast